“陛下……这……”朱由校此举分明是要将赵南星放在火上烤，查案之前是少保，案件结束就是太保了，这让其他人如何想，但赵南星又不知道该如何拒绝。
赵南星犹豫了一会，才说道：“臣谢陛下隆恩！”
“东林党一脉结党营私，在朝廷势力太大，不利于朕治国，在现在这个时间，朕不会允许有任何人能挑战朕的权威，东林党的东林书院也必须解散。你是东林的领袖之一，自然知道应该如何处理。”朱由校坦白地说道。
“臣明白，臣请告退。”赵南星哀声说道。
……
朱由校终于要对东林党动手，这是赵南星的第一个想法。赵南星明白现在的朱由校一边要用东林人，一边又不想东林坐大。这就让朱由校产生了解散东林书院的想法。东林书院是东林人的精神象征，一旦解散势必对东林人产生巨大的影响。
这次山西的锅，朱由校故意让赵南星来背，就是有意造成东林人与天下官绅阶层对立的局面。现在杨涟出任左都御史，依照杨涟的“眼睛里揉不进一粒沙子”性格，在朱由校的支持下，势必会掀起更大的官场地震。
赵南星在离开大同之前，他决定一定要去见见杨涟。
“大洪，你现在出任左都御史，掌管督察院，可谓是位高权重，其职之重要性不在六部尚书之下，你是如何看待的？”赵南星问道。
“不知大人此话何意？”杨涟疑惑地问道。
“督察院纠劾百司，辨明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。可当今天下之势，正如陛下所言，官员贪污成风，非一朝一夕才能扭转，需要循序渐进，急切不得，有时候退一步是为了向前走两步。”赵南星劝说道。
“孔子云：‘托孤寄命，临大节而不可夺！’今陛下贤明，励精图治，诛奸邪，清吏治，据外虏，眼看我大明中兴有望，我等身为臣子，岂可畏首畏尾，涟只愿国家强固，圣德刚明，海内长享太平之福。此痴愚念头，至死不改。今涟得陛下重用，涟自当为陛下先锋，鞠躬尽瘁死而后已！”杨涟慷慨说道。
“大洪，可知陛下要解散东林书院？”赵南星轻声问道。
“为何？”杨涟惊讶地问道。
“东林势大，陛下以为东林人会威胁到皇权。”赵南星说道。
“下官即刻去求见陛下，请求陛下收回成命。”杨涟说道。
“你们去吧，我已经不在庙堂之上了，此事我就不参与了。”赵南星苦笑道。
……
听到朱由校要解散东林书院的消息，杨涟、左光斗和黄尊素三人不敢有丝毫迟疑，他们立刻就去找朱由校求情，希望朱由校能收回成命。
看着跪在地上给东林书院求情的三人，朱由校冷声说道：“世人都说‘东林势盛，众正盈朝’，朕一直不以为然，现在朕只是想解散东林书院，你等就立刻前来阻止，难道是朕错看了你们吗？”
“东林人一直以廉正奉公，振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊为己任，不敢有任何私心，还望陛下明鉴。”杨涟直言道。
“那好朕问你，士农工商中，每年谁给国库缴得赋税最多？”朱由校问道。
“农乃国之根本，自然缴税最多。”杨涟说道。
“士农工商中，谁最有钱？”朱由校问道。
“这……自然是商人。”杨涟犹豫了一下说道。
“这天下最穷的人承担了最重的赋税，最有钱的人却是少缴税，甚至不缴税，这是为什么？这是哪里来的道理？”朱由校问道。
“这……”杨涟一下被朱由校问住了。
“赵南星曾经说过‘士农工商，生人之本业’，这句话朕是认可的，李应升希望朕‘爱商恤民，上不妨工而下利于途’，朕也认可，但绝不是给商人免税，天下财富十之五六皆在商人之手，三十税一，如此低的税收，依然还有这么多人却是想尽办法不缴税，为这些人争辩的大多就是东林人，你以为朕不知道，许多东林人只知东林，而不知朝廷吗？”朱由校冷声说道。
“陛下，食禄者不得与下民争利，受大者不得取小……”黄尊素刚说了一句就被朱由校打断了。
“现在国库空虚，为什么国库空虚？你们总是在说不可与民争利，要朕节源，但节源也要开流，你们告诉朕怎么开流？”朱由校问道。
朱由校见三人都不说话，他又说道：“朕养新军十万，每年所费就高达上百万两，养新军是贵，但是却有用，大同之战我们所有人也看到新军的厉害之处，朕如果有一百万这样的新军，别说建虏了，就算任何敌人朕都不怕，朕定可横扫六合，享万世之太平。可是养新军的钱应该从哪里来？你们告诉朕，难道一直要靠内努来支持吗？”
“朕告诉你们，钱从哪里来？京师对商户征税以后，京师去年赋税就翻了一倍，今年朕预计最少可以翻三倍，如果全国的商人都缴税的话，那就意味着国库收入一年可以翻三倍。现在士人不缴税，商人少缴税，却只有最穷的农民在缴税，你们这是在逼着他们造反，如果明亡，百年之后定会有人说明亡在于对士人过宽，与庶民过严。你们以为朕说得有道理吗？”朱由校问道。
“陛下，东林人中的确有部分人贪赃枉法，违背了东林当初的宗旨，但这一切绝对跟东林书院无关。”左光斗说道。
“东林书院朕可以答应你们暂时不解散，但你们东林人必须得改，从今日起，左光斗出任陕西巡抚，黄尊素出任河北巡抚，杨涟协助你们两人，你们两人与徐光启治理的山西做一次比试，朕明年年初就要看到结果，如果你们都赢了，东林书院朕就不解散，如果你们两都输了，可见朕说的就是对的，东林书院就必须解散。”朱由校说道。